Parrokietako Artxiboak deitu horietaz gain, badira fondo batzuk Artxibo honetan gordetzeko beste erakunde ezberdinetatik heldu zaizkigunak; hauen artean aipatzekoa da, duen interesagatik, Congregación del Clero del Arciprestazgo Mayor de Guipúzcoa eta Congregación del Clero del Valle Real de Léniz direlakoaren fondoak; hain zuzen, parrokiaz gaindiko erakunde garrantzitsua izan ziren garai batean artziprestalde hauek.
Badira izaera zibilekoak deitzen diegun beste fondoak ere gure ardurapean jarriak, mendeetan zehar ohikoa zen jokabidearen arabera eliz dokumentuekin batera gure parrokietan gorde izan direnak, eta orain gure Artxibo honetara ekarri direnak.
Kasu zinez berezia gertatzen da, gaur egun Astigarragan kokatua dagoen Laterandar Kanonigen fondoarekin: Monasterio de San Bartolomé de las Canónigas Regulares Lateranenses de San Agustín en San Sebastián. Balio handiko fondoa dugu bere antzinatasunagatik (1250. urtetik hasten baita) eta gai desberdin ugariengatik. Fondo honen ikerketa errazteko eta komentuko biziera ez nahastearren, 1996ko maiatzean osoki mikrofilmatua izan zen, eta kopia bat Artxibo honetan aurkitzen da, ikertzaileei agiri-multzo baliotsua eskaini ahal izateko kontsultarako.
Aipaturikoez gain, beste zortzi fondo pertsonal ere jasotzen dira gure artxiboan, hala nola: Nemesio Etxaniz Aranberri, Pio Montoya Arizmendi, Jaime Aramburu Olaran, Felisa Oregi Oregi, Antxon Aguirre Sorondo, Jose Maria Zunzunegui Garmendia, Joaquin Antonio eta Daniel Ustoa, eta Jose Maria Maidagan Aspiazu.
